اگرچه دستگاه‌های ایکس ری بازرسی نقش مهمی در افزایش امنیت دارند، اما با چند چالش مهم مواجه‌اند:
1_ سلامتی انسان: پرتوهای ایکس ذاتاً یونیزان هستند و می‌توانند در صورت استفاده بیش از حد به DNA سلول‌ها آسیب بزنند.
اگرچه دوز پرتو در دستگاه‌های بازرسی بسیار کمتر از دستگاه‌های پزشکی است، اما تجمع همین دوزهای اندک در طولانی‌مدت نگرانی‌برانگیز است.
گروه‌های حساس مانند زنان باردار، کودکان و افراد دارای بیماری‌های خاص باید از مواجهه غیرضروری با این دستگاه‌ها دور نگه داشته شوند.
2_ حریم خصوصی: تصاویر به‌دست‌آمده ممکن است جزئیات بدن افراد را آشکار سازند، این موضوع در بسیاری از کشورها با اعتراض‌های اجتماعی همراه بوده است.
نیاز به راهکارهای اخلاقی و قانونی برای حفظ حریم خصوصی، مانند تار کردن یا ساده‌سازی تصویر، بسیار ضروری است.
3_ هزینه بالا: نصب، نگهداری و به‌روزرسانی این دستگاه‌ها بسیار پرهزینه است.
برای بسیاری از کشورها یا مراکز کوچک، خرید چنین تجهیزاتی بار مالی سنگینی دارد و ممکن است تنها در مراکز پرخطر نصب شوند.
4_ نیاز به آموزش اپراتورها: تفسیر تصاویر ایکس ری آسان نیست و اپراتورها باید آموزش‌های تخصصی ببینند.
کمبود آموزش یا تجربه می‌تواند باعث اشتباه در تشخیص تهدید یا حتی نادیده گرفتن موارد مهم شود.
5_ پذیرش اجتماعی و روانی: برخی افراد در مواجهه با دستگاه‌های ایکس ری احساس ناامنی یا بی‌اعتمادی می‌کنند.
این دستگاه‌ها گاهی به‌عنوان نقض حقوق فردی تلقی می‌شوند و پذیرش عمومی آن‌ها نیازمند اطلاع‌رسانی شفاف و اعتمادسازی است.
